Let’s talk Tweezers

Let’s talk tweezers. Magnetic Tweezers, that is – de lekenversie. Toegegeven niet het meest spannende verhaal op deze site, ondanks dat interessant en momenteel niet weg te denken uit mijn dagelijks bestaan. Voor het nageslacht zullen we maar zeggen. De techniek bestaat inmiddels al een aantal decennia, en het woord ‘magnetic’ verraadt al een goed deel van het verhaal. De kracht van deze truc schult in het feit dat het concept zelf – alsmede het opzetten van een experiment – vrij eenvoudig is, terwijl er toch gecompliceerde systemen op het niveau van een enkel molecuul mee onderzocht kunnen worden.

Eureka.

Zoals eerder beschreven voer je je experiment uit in een vloeistofcel ter grootte van een microscooppreparaatplaatje. Deze zogenaamde flow cell bevindt zich in een microscoop-opstelling, met bijbehorende lichtbron, objectief en camera voor beeldregistratie. Verder komt er nog één attribuut bij kijken: de magneet natuurlijk.

Continue reading “Let’s talk Tweezers”

Enkel-molecuul en centrale dogma’s

Single-molecule techniek, wat is dat eigenlijk? Welnu, een korte inleiding. In de wereld van het hele kleine, het onderzoek naar (de werkingsmechanismen van) het leven, cellen of onderdelen hiervan, loop je vaak tegen zeer moeilijk achterhaalbare vraagstukken aan. Nu zijn er grofweg twee manieren om tegen dit soort vraagstukken aan te kijken.

Berend botje ging uit varen.

Me volledig bewust van het feit dat ik nu generaliseer – daarnaast ook absoluut niet de eerste die hier woorden aan vuil maakt – maar voor het gemak bestaat er de biologen- en de fysici-aanpak. Eerstgenoemden worden

Continue reading “Enkel-molecuul en centrale dogma’s”

Opstartfase voorbij

Dat een promotieonderzoek van vier jaar een vrij lange periode is om ergens helemaal in te duiken, zal haast eenieder beamen. Maar eenmaal begonnen aan zo’n traject, lijkt de tijd die je voor je onderzoek hebt gekregen ineens toch een stuk minder onmetelijk. Na vier maanden acclimatiseren, inlezen, experimenteren en bijleren in Delft, moet mijn eigen project nog goed en wel beginnen. Eén twaalfde voorbij; de eerste maand van mijn PhD-‘jaar’ verleden tijd. Wat heb ik in vredesnaam afgelopen tijd uitgespookt?

“doe mij wat ntps aub” – schematische voorstelling van een RNA-polymerase.

Tijd verspild heb ik gelukkig allerminst; mijn eerste maanden laten zich goed omschrijven als learning on the job. In samenspraak met mijn promotor Nynke Dekker hebben we in den beginne besloten dat mijn wens om de wereld van de single-molecule biophysics (enkel-molecuul biofysica vind ik echt te vreemd klinken, ik hou de anglicaanse benaming wel aan) in te duiken zou worden vervuld door middel van experimenteren met behulp van de magnetische pincet (officieel magnetic tweezers natuurlijk, hier vind ik het Nederlandsch nog net kunnen). De zeer pientere, bourgondisch ingestelde en ietwat chaotische post-doc tevens ontzettende Fransman David Dulin werd mijn mentor om me dit experimenteel trucje (fijne kneepjes van het vak incluis) aan te leren. Naast een zeer goede samenwerking te hebben gehad, hebben we zijn project aan de RNA-afhankelijke RNA-polymerase succesvol naar een afrondende fase weten te brengen. “Juist. Magnetische pincet, een RNA-wat?” hoor ik sommigen nu denken. Hier komt ie dan:

Continue reading “Opstartfase voorbij”