science – Page 2

4. Puzzelstukken combineren, modelleren, verklaren.

Gefeliciteerd! U heeft het einde gehaald, terwijl ik nog zo mijn best heb gedaan om lezers af te schudden. Maar daar zijn we dan: wat leren al deze experimenten, data-analyse, statistisch geneuzel enzovoorts ons allemaal? Waar doen we het voor? Begrijpen we de wereld om ons heen nu ook beter? De experimenten, bestaande literatuur, statistiek en andere dataverwerkingsmethoden zijn allemaal stukjes van een puzzel, of geven ons een idee hoe de puzzel in elkaar gezet kan worden, maar uiteindelijk gaat het om het oplossen van de puzzel.

Een eerste stel puzzelstukken die we nu hebben bestaat uit informatie over de structuur van de polymerase hebben:

Aan de de dwarsdoorsnede van de polymerase kun je zien dat het molecuul 3 tunnels heeft die in het midden samenkomen. Dit ligt redelijk voor de hand: binnenin de polymerase wordt enkelstrengs RNA omgezet (gepolymeriseerd) naar de vertrouwde dubbele helixvorm. De eerste tunnel gaat enkelstrengs RNA naar binnen, tunnel 2 voert dubbelstrengs RNA naar buiten. Om dit te kunnen doen heb je ook aanvoer van bouwstenen nodig (NTPs dus), hier is tunnel nummer 3 voor. Rechts zie je hoe dit in het experiment gebeurt.

Continue reading “4. Puzzelstukken combineren, modelleren, verklaren.”

Impactwetenschap

Wie serieus wetenschap wil bedrijven moet publiceren. Bij voorkeur in een hoog aangeschreven journal natuurlijk – een wetenschappelijk tijdschrift met een hoge impact factor dus. Ja, want die impact factor (IF), daar draait het allemaal om. Voor mensen in het vak gesneden koek, maar de IF van een tijdschrift is de (recente) verhouding tussen het aantal keer dat de in-dat-tijdschrift-gepubliceerde studies geciteerd wordt en het totaal aantal citeerbare studies van dat tijdschrift. Hoe hoger de IF van een blad, hoe meer alle andere vakbladen studies uit dat bepaalde tijdschrift aangehaald hebben. Het moge dan ook geen verrassing zijn dat bladen als Nature (IF₂₀₁₀=36) en Science (idem=31) traditioneel tot het topsegment behoren. Echter, de combinatie van digitalisering, internet en zoekmachines lijkt de spelregels te gaan veranderen hebben veranderd, zo stellen George A. Lozano, Vincent Larivière en Yves Gingras in hun onlangs op ArXiv (spreek uit als het engelse archive) gepubliceerde studie. De auteurs vergeleken de correlatie tussen de IF van een journal en het aantal ontvangen citaties in dat journal in de periode 1902-2009 en kwamen tot verrassende conclusies.

Continue reading “Impactwetenschap”

Let’s talk Tweezers

Let’s talk tweezers. Magnetic Tweezers, that is – de lekenversie. Toegegeven niet het meest spannende verhaal op deze site, ondanks dat interessant en momenteel niet weg te denken uit mijn dagelijks bestaan. Voor het nageslacht zullen we maar zeggen. De techniek bestaat inmiddels al een aantal decennia, en het woord ‘magnetic’ verraadt al een goed deel van het verhaal. De kracht van deze truc schult in het feit dat het concept zelf – alsmede het opzetten van een experiment – vrij eenvoudig is, terwijl er toch gecompliceerde systemen op het niveau van een enkel molecuul mee onderzocht kunnen worden.

Zoals eerder beschreven voer je je experiment uit in een vloeistofcel ter grootte van een microscooppreparaatplaatje. Deze zogenaamde flow cell bevindt zich in een microscoop-opstelling, met bijbehorende lichtbron, objectief en camera voor beeldregistratie. Verder komt er nog één attribuut bij kijken: de magneet natuurlijk.

Continue reading “Let’s talk Tweezers”

Enkel-molecuul en centrale dogma’s

Single-molecule techniek, wat is dat eigenlijk? Welnu, een korte inleiding. In de wereld van het hele kleine, het onderzoek naar (de werkingsmechanismen van) het leven, cellen of onderdelen hiervan, loop je vaak tegen zeer moeilijk achterhaalbare vraagstukken aan. Nu zijn er grofweg twee manieren om tegen dit soort vraagstukken aan te kijken.

Me volledig bewust van het feit dat ik nu generaliseer – daarnaast ook absoluut niet de eerste die hier woorden aan vuil maakt – maar voor het gemak bestaat er de biologen- en de fysici-aanpak. Eerstgenoemden worden

Continue reading “Enkel-molecuul en centrale dogma’s”

Opstartfase voorbij

Dat een promotieonderzoek van vier jaar een vrij lange periode is om ergens helemaal in te duiken, zal haast eenieder beamen. Maar eenmaal begonnen aan zo’n traject, lijkt de tijd die je voor je onderzoek hebt gekregen ineens toch een stuk minder onmetelijk. Na vier maanden acclimatiseren, inlezen, experimenteren en bijleren in Delft, moet mijn eigen project nog goed en wel beginnen. Eén twaalfde voorbij; de eerste maand van mijn PhD-‘jaar’ verleden tijd. Wat heb ik in vredesnaam afgelopen tijd uitgespookt?

*“doe mij wat ntps aub” – schematische voorstelling van een RNA-polymerase.*

Tijd verspild heb ik gelukkig allerminst; mijn eerste maanden laten zich goed omschrijven als learning on the job. In samenspraak met mijn promotor Nynke Dekker hebben we in den beginne besloten dat mijn wens om de wereld van de single-molecule biophysics (enkel-molecuul biofysica vind ik echt te vreemd klinken, ik hou de anglicaanse benaming wel aan) in te duiken zou worden vervuld door middel van experimenteren met behulp van de magnetische pincet (officieel magnetic tweezers natuurlijk, hier vind ik het Nederlandsch nog net kunnen). De zeer pientere, bourgondisch ingestelde en ietwat chaotische post-doc tevens ontzettende Fransman David Dulin werd mijn mentor om me dit experimenteel trucje (fijne kneepjes van het vak incluis) aan te leren. Naast een zeer goede samenwerking te hebben gehad, hebben we zijn project aan de RNA-afhankelijke RNA-polymerase succesvol naar een afrondende fase weten te brengen. “Juist. Magnetische pincet, een RNA-wat?” hoor ik sommigen nu denken. Hier komt ie dan:

Continue reading “Opstartfase voorbij”

Eiwitoverpeinzingen

Nou ja, in ieder geval eindelijk de lang verwachte uitleg over mijn projectvoortgang! Dus… de reden dat ik naast een korte inleiding niets meer vermeld heb is eenvoudig: er was tot voor kort niet zoveel spannends te vermelden. Bij aankomst bleek de magneet waarmee mijn metingen dienden te worden verricht niet te werken, maar dit zou hooguit een paar weekjes duren. Die tijd kon ik gebruiken om me in te lezen. De weken werden echter maanden en opeens was het begin november. Welkom in de wondere wereld der wetenschap. Ik stond op het punt om maar een alternatief project te gaan verzinnen toen het toch ineens lukte op het apparaat aan de praat te krijgen, met nog maar drie maanden voor de boeg.

Continue reading “Eiwitoverpeinzingen”