Zo, het heeft even geduurd, maar eindelijk is het dan zover: het ei is gelegd. In de vorm van een artikel, dat dan weer wel. Leefde ik aan het eind van mijn eerste jaar (anno 2012) nog in de waan dat het een kwestie van weken zou zijn voor publicatie, weet ik nu dus wel beter. Het p2 onderzoek waar ik een flinke bijdrage aan heb geleverd – waardoor het werk een stevige positie in mijn toekomstige proefschrift heeft gekregen – heeft van begin tot eind zo’n 7 jaar in beslag genomen.* Karakteriseren met termen als ‘uitputtingsslag’ of ‘marathon’ zou derhalve een understatement zijn. Hoewel het gros van de data in 2012 al gemeten is, heeft het verhaal in de jaren daarna met name wat dataverwerking en -analyse betreft nog een enorme ontwikkeling doorgemaakt. Wat we nu presenteren is een compleet verhaal geworden dat zowel op experimenteel als op theoretisch vlak vernieuwend is. Dit zeg ik niet alleen omdat ik bevooroordeeld ben, om 4 redenen brengt dit werk wat nieuwe dingen naar voren, begin hier met lezen!
NB Is deze tak van sport helemaal nieuw? Lees dan hier waarom we überhaubt aan een enkel molecuul zouden willen meten, hier een inleiding over de magnetische pincet (magnetic tweezers) en hier mijn vorige verslag over dit project.
* 7 jaar?! Ben ik dan al 7 jaar aan het promoveren?? Voor zover ik weet niet, een uiterst onwenselijke situatie lijkt me dat zelfs. Nee, wetenschap is samenwerken, zonder samenwerking sta je nergens. Een auteurslijst geeft hier al een klein inkijkje in: zo heeft de eerste auteur altijd de leiding over het project. In dit geval is dat David. David (spreek uit davied) heeft – zoals ik al eerder schreef – mij ongeveer alles bijgebracht wat ik op dit moment van magnetic tweezers (MT) en deze tak van sport weet – en is de afgelopen 5 jaar de drijvende kracht achter alle ontwikkelingen van dit project geweest. Zonder hem waren dit paper en alle MT-gerelateerde ontwikkelingen er niet geweest. Igor is degene geweest die 7 jaar geleden voor het eerst aan enkelmolecuulmetingen van deze polymerase gewaagd heeft en was al Californiawaarts voordat ik ten tonele verscheen. Mijn bijdrage zoals ik al schreef, is met name in mijn eerste jaar geweest, waar ik veel van de datasets bij elkaar gemeten heb. Suzanne is een zeer bekwaam moleculair-biologisch onderlegd technicus die betrokken is geweest bij het maken van de RNA strengen die je bij deze metingen nodig hebt. Dennis en Minna zijn Finse onderzoekers die de P2 RNA polymerase hebben opgezuiverd en opgestuurd zodat wij eraan kunnen meten. Zij weten veel over de structuur van deze eiwitten. En dan Martin. Martin is de theoretisch biofysicus des huizes, assistent professor en (i.s.m. David) drijvende kracht achter de analysemethoden die ik hier beschrijf. Zonder hem geen dwelltime-analyse, bootstrapping en Bayesiaanse statistiek. Tot slot is Nynke de principle investigator of PI en staat daarom als hierarchisch hoogst in rang zijnde betrokkene achteraan de lijst. Zij heeft dit project geïnitieerd, samenwerkingsverbanden opgezet, gezorgd dat er geld was om dit project uit te voeren, de planning zo goed mogelijk in goede banen geleid en op gezette tijden kritische vragen gesteld en knopen doorgehakt. Zonder haar was er uiteraard niet eens een polymeraseproject geweest.