2½. Dwelltimedistributies

Dacht je naar punt 3 door te kunnen, krijg je dit! Toch eerst maar even kijken wat ik precies bedoel met de dwelltimedistributies. Stel je hebt een dataset die alle verkregen dwelltimes van een experiment bevat, een lange lijst met tijden dus. De set die ik hier heb bestaat uit 15417 tijden verkregen door 60 trajecten op te knippen in stukken van 10 baseparen. Op die 10 baseparen kom ik aan het eind weer terug, nu eerst de tijden. Het minimum ligt bij 0.08 seconden: de polymerase vestigde een snelheidsrecord in dat stuk. De langste tijd – met andere woorden langste pauze – duurde 98.8 seconden. Alle andere 15415 punten liggen dus daar ergens tussenin. Je kijkt hoe de verdeling van tijden eruitziet door de data in een histogram te stoppen. Hierbij verdeel je die kleine 100 seconden in tijdsintervallen van gelijke grootte (bins) en tel je hoeveel van de tijden er binnen elk tijdsinterval liggen:

Abnormaal verdeeld: Als je het zo bekijkt lijkt er nauwelijks een dwelltime boven de 5 seconden te liggen..
Ondergesneeuwde data: Maar als je inzoomt zie je dat er toch nog wel wat datapunten bij hogere tijden liggen!

Daar is niet veel anders over te zeggen dat de overweldigende meerderheid van de dwelltimes niet veel langer is dan zo’n 5 seconden. Tijd voor een logaritmisch geschaalde histogram (log-histogram):

Dezelfde data op een logaritmische tijdschaal.

Continue reading “2½. Dwelltimedistributies”

3½. Bootstrapping

Voordat we doorgaan naar de climax van het verhaal toch nog een klein intermezzo: bootstrapping! Boot-wat? Boot-waarom? Een betrouwbaar wetenschappelijk verhaal is gebaseerd op betrouwbare data, dat klinkt logisch. Maar hoe betrouwbaar is betrouwbaar? Om de betrouwbaarheid van data aan te geven zie je soms error bars en soms betrouwbaarheidsintervallen op datapunten. Voorbeeld: In het laatste figuur van deel 2 (de polymerasesnelheid versus kracht) steken aan weerszijde van elk datapunt horizontale balkjes uit die eindigen met een balkje dat daar haaks op staat. Dit zijn error bars en ze geven aan waar het datapunt met nog een vrij grote waarschijnlijkheid ook zou kunnen liggen. Horizontaal betekent dat we het over de x-as hebben, ofwel de onzekerheid in de kracht die we uitoefenen.*

Virtueel de meting herhalen. Dataset x (blauw) en een gebootstrapte set r1 (rood), de verdelingen lijken erg op elkaar maar willekeurigheid maakt ze niet identiek.

Stel nu je hebt een dataset met een bepaalde verdeling, zoals ik in punt 2½ had. Hoe betrouwbaar is deze dataset? Moet ik dan nog een aantal keer opnieuw die 15417 punten bij elkaar meten en kijken wat de variatie is die ik krijg? Dat zou wel eens lang kunnen gaan duren. In veel gevallen is dit zelfs niet te doen. Enter bootstrapping. Waarom het beestje deze naam gekregen heeft zal me een raadsel zijn en google heeft hier vast een antwoord op, maar mooi en belangrijk is weten hoe het werkt.

Continue reading “3½. Bootstrapping”

4. Puzzelstukken combineren, modelleren, verklaren.

Gefeliciteerd! U heeft het einde gehaald, terwijl ik nog zo mijn best heb gedaan om lezers af te schudden. Maar daar zijn we dan: wat leren al deze experimenten, data-analyse, statistisch geneuzel enzovoorts ons allemaal? Waar doen we het voor? Begrijpen we de wereld om ons heen nu ook beter? De experimenten, bestaande literatuur, statistiek en andere dataverwerkingsmethoden zijn allemaal stukjes van een puzzel, of geven ons een idee hoe de puzzel in elkaar gezet kan worden, maar uiteindelijk gaat het om het oplossen van de puzzel.

Een eerste stel puzzelstukken die we nu hebben bestaat uit informatie over de structuur van de polymerase hebben:

Polymeriseren kun je leren.

Aan de de dwarsdoorsnede van de polymerase kun je zien dat het molecuul 3 tunnels heeft die in het midden samenkomen. Dit ligt redelijk voor de hand: binnenin de polymerase wordt enkelstrengs RNA omgezet (gepolymeriseerd) naar de vertrouwde dubbele helixvorm. De eerste tunnel gaat enkelstrengs RNA naar binnen, tunnel 2 voert dubbelstrengs RNA naar buiten. Om dit te kunnen doen heb je ook aanvoer van bouwstenen nodig (NTPs dus), hier is tunnel nummer 3 voor. Rechts zie je hoe dit in het experiment gebeurt.

Continue reading “4. Puzzelstukken combineren, modelleren, verklaren.”

Collective lab exits

The Nynke Dekker lab at CERN.

Just for a mid-week then. Roughly once every two years a couple of us get together to organize an outing for the Nynke Dekker Lab. 2012 took us to the EPFL in Lausanne and CERN in Geneva, in 2014 we spent a couple of very active days in the Belgian ardennes. No idea where our next trip will take us, let alone if I will still join as a lab member(!), but you’ll be able to find us here.

Continue reading “Collective lab exits”

Delftse brulactiviteiten

Eentje uit den ouden doos. Eind 2012. ‘Wat is dit nu weer voor herrie?’ dacht ik toen ik weer eens bruut losgerukt werd uit mijn noeste programmeervlijt. Uit het raam kijkend zag ik een met rook en menigte gevuld Mekelpark:

Mekel mayhem.

Toch maar even een kijkje nemen en wat bleek? Lustrumactiviteit van een studievereniging: straalmotorbrullen. Komt dat zien allen. Wat mij betreft een perfecte weerspiegeling van de cowboymentaliteit die de TU-studenten kenmerkt. Audiovisueel spektakel.

Campuskruistochten

In de TU Delta van 1 september jongstleden stond een opmerkelijke advertentie, ik kon het niet nalaten te reageren.

Hieronder mijn stuk, eveneens op de site van de Delta geplaatst, 15 september op papier.

‘Christelijke wetenschappers’ mogen zich gaan schamen.

Christelijke wetenschappers aan de TU Delft heten alle nieuwe studenten welkom aan onze universiteit! Zo stond het er in grote koeienletters in de Delta. Wit op zwart. Alle onderstreept. Wat heeft dit nou weer te betekenen? Wat is het echte signaal dat hier gegeven wordt? Altijd open voor gesprek. Onze universiteit. Juist. En als je nou overtuigd Joods, Moslim, atheïst of zelfs niet-praktiserend Christen bent, is deze boodschap ook oprecht voor jou bedoeld – kun jij dan net zo goed bij dit zelfgenoegzame vrome clubje terecht? Want wat er tussen de lijnen door staat is het volgende: kijk, wij hebben de Goede Weg gekozen, en wij zijn slim, dus wij weten het wel. Alle anderen: als je niet oplet wacht het vagevuur! Mijn maag draaide zich om eerlijk gezegd, probeer je dan maar eens staande te houden met tenen die steeds krommer gaan staan. Al met al vind ik dit een zeer betreurenswaardig signaal, ik dacht dat we de tijd van verzuiling inmiddels wel voorbij waren.

Een bericht dat van meer klasse getuigd had was het volgende: Alle wetenschappers aan de TU Delft heten de nieuwe studenten welkom! Dit is het signaal dat je van hogerhand af wil geven. Voor mij is een universiteit als deze juist een plek waar afkomst, sociale klasse of religie er even niet toe doen, een plek waar je dat even kunt vergeten en jezelf kunt uitdagen met intellectueel gelijkgestemden. Dat betekent niet dat ik vind dat er tijdens je studententijd of het leven aan de universiteit geen plaats is om over de grotere vragen van het leven na te denken, integendeel. Maar hiervoor zijn er talloze verenigingen, clubs en gezelschappen waar je terecht kunt, hiernaast verkiest het overgrote deel van de studenten om dat voor zichzelf uit te zoeken. Daar hebben ze helemaal geen vrome professor voor nodig.

Bojk Berghuis – promovendus aan de TU Delft. Zijn religie of afkomst doen er hier niet toe, maar hij staat altijd open voor dialoog.

 

Ah kijk, het AD heeft het ook opgepikt. Om nou te zeggen dat ik woedend ben? Neen. Iets tegen Christenen? Allerminst. Maar onoprechte boodschappen wel. In dit stuk laat initiatiefnemer Polinder precies zien waar het hen echt om te doen was, nl. Christelijke studenten een hart onder de riem steken. Zeg dat dan meteen. Daarnaast vind ik het nog steeds rieken naar het verkeerd inzetten van je status als wetenschapper… oh well, het houdt je van de straat zullen we maar zeggen;)

Will work for food.

Like all nationalities, the Dutch have something with food. However, unlike quite a few other nationalities, for the Dutch ‘having something with food’ does not mean ‘having a sophisticated cuisine’. The Dutch approach to life – sober, functional, yet efficient – also holds for their eating habits. Though sliced bread is officially an American invention, the Dutch deserve a prize for so eagerly embracing this concept. Indeed, with their endless plain cheese or peanut butter sandwiches, the Dutch are often ridiculed as being prepared to eat anything. Having grown up in Belgium – the culinary buffer zone between France and The Netherlands – I definitely also sensed a gradient (a step function, actually) of culinary complexity when crossing the border.

From those new to The Netherlands, I have heard personal accounts of going through various stages of surprise, to astonishment, disbelief, disgust, rebellion, and finally to acceptance by sticking with home cooking. While home cooking might be a good alternative meaning for ‘going Dutch’, it is only then that people realize that the supermarkets do not offer what could be bought abroad.

Continue reading “Will work for food.”

Plan Lievense revisited

voor de wind

Begin jaren tachtig. Met de oliecrises van het decennium ervoor vers in het geheugen komt Ingenieur Lievense met het revolutionaire plan om een waterbekken te gebruiken als opslagmedium voor overtallige windenergie. Het dalen van de olieprijzen doet het toenmalige kabinet besluiten om toch maar van dit plan af te stappen. In 2014 blijkt dit plan nog even uitvoerbaar en allerminst verouderd. België blijkt de voortrekkersrol te hebben overgenomen, Nederland kan toekijken. Maar wacht eens even, Lievense… die naam ken ik… oh maar dat is Opa!

Ir. L.W. Lievense

Aanschouw de reportage met eigen ogen.

Leaving, on a jet plane

Imagine the following: You’re a Ph.D. candidate (Well, that shouldn’t be too hard for many of you…), the project you have spent the past 12 months working on seems to produce some interesting results. At a national conference they have recognized and acknowledged this by letting you give a presentation. Then you sign up for a large international conference, THE yearly conference of the field so to speak, and even there you are selected to give a talk. That’s great news! Right?

The group picture taken to celebrate the 10th anneversary of the Delft Kavli Institute, aren’t we the lively bunch?

But wait, you also have a sister. She is a professional snowboarder. She has spent the past 12 years training her (pardon my French) ass off and seems to be getting some interesting results. She’s the straight-A student of the national competition so to speak. And she shows this by winning the national championship in her discipline for 5 years in a row. Then she signs up for international competitions, and this seems to run pretty well. So well indeed that they have selected her… – okay, this is where all resemblances stop I am afraid – to head for the Winter Olympics in Sochi. Now that is what I would call great news!

Continue reading “Leaving, on a jet plane”