Go, go, go!

The start of the new academic year always has something special to it. After the calm of summer, the air is suddenly filled with the buzz of new students on campus grounds. A fresh batch of slightly disoriented, ever younger-looking students once more roam the hallways of our Applied Physics building. The weather – after the short, reasonably-dry-and-not-too-cold period the Dutch call summer – characteristically turns sour as deluges become a daily recurring event (somehow always peaking when I am on my way to or from work, irrespective of the time-of-day). Then there is the yearly Kavli day; always a friendly reminder that we are all part of something bigger. The day that the exchange of awkward or wary glances between BN and QN grad students along the corridors actually becomes a careful exchange of words, or even experiences…

Continue reading “Go, go, go!”

Keep it fundamental

As a young kid I was a collector of almost anything one can think of. Natural objects such as rocks, (dried) plants, animal skeletons and insects had my particular interest. I spent hours looking at insect wings and drawing them as I saw them through the objective of my kiddy microscope. Or growing salt crystals with my home chemistry set. In hindsight it must be no wonder for my parents that I ended up doing a PhD in the natural sciences. Because at our Kavli Institute of Nanoscience, people are pursuing exactly what I was practicing for back in the days: purely curiosity-driven research: fundamental research, often without a direct apparent practical application. Take the viral polymerase molecular motors I’m observing through my microscope-for-grown-ups these days; in the far future this may lead to novel anti-viral vaccines, but as for now, all we really want to do is understand how nature works. People in the lab are not in it for the money, they are driven by curiosity.

Continue reading “Keep it fundamental”

On peer pressure

As an editor of The Lancet once stated: “We portray peer review to the public as a quasi-sacred process that helps to make science our most objective truth teller. But we know that the system of peer review is biased, unjust, unaccountable, incomplete, easily fixed, often insulting, usually ignorant, occasionally foolish, and frequently wrong.” Though stated quite bluntly, those familiar with the process would quite likely tend to agree to some extent – or admit that though useful, peer review (PR) is a time-consuming and inefficient process, to say the least.

Continue reading “On peer pressure”

Statistische arbeid(sverschaffing)

Wederom een sterk staaltje PhD-leven. Ik vraag me zo nu en dan af waarom, maar PhD-ers worden doorgaans geacht weldenkende mensen te zijn. Echter, welk weldenkend mens tekent voor een 4-jaar-durende baan waarbij je je slechts met één onderwerp dient bezig te houden, die gemiddeld 50-60 uur per week in beslag neemt, krap modaal uitbetaalt en geen enkele garantie biedt voor een glansrijke toekomst? Juist, die zogenaamde weldenkendheid mag gerust in twijfel getrokken worden..

Sanguis…

Aan de andere kant kun je beargumenteren dat – hoewel je wellicht niet voor de meest kansrijke route naar fame & fortune kiest –  wetenschapper zijn een nobel beroep is, dat je je aan de frontlinies van het wetenschappelijk denken begeeft, je de begane paden regelmatig verlaat voor het onbekende en tot slot ook nog eens een significante rol speelt in het opleiden en enthousiasmeren van een volgende generatie potentiële onderzoekers. Een stuk verleidelijker zo, nietwaar? Met name dat laatste heb ik afgelopen jaar aan den lijve mogen ondervinden, hiervan een kort verslag.

Continue reading “Statistische arbeid(sverschaffing)”

Sweat Matters

Since my entire professional life is English spoken, my writing here could also somewhat reflect this fact. As a member of the Kavli Institute of Nanoscience here in Delft, I took the opportunity to contribute to the quarterly newsletter with a piece of semi-colloquial writing of my choosing. The entire newsletter can be found here, my column starts here!


Sweat Matters

Success is 1 percent inspiration, and 99 percent perspiration – almost a Thomas Edison quote, were it not that this American Idol avant la lettre was referring to (his own) geniality rather than success. But it is success most of us are aiming for in science. And everyone – students to professors alike – has experienced first-hand that the better part of being successful is just plain hard work. So far nothing new.

Guess who is who? The distribution of researchers’ h-indices within the Kavli-institute.

But how to assess success? A recent report [1] shows the future is not that unpredictable after all. Using the h-index as a measure of success, a large database of predominantly neuroscientists and employing machine-learning techniques, the authors came up with an equation that predicts the future to a reasonable extent. The Hirsch or h-index is – as most readers of this purple periodical undoubtedly know – a scientist’s h number of papers with at least h citations each. As Hirsch reasoned in 2005, the main advantage over other single-number measures is that h combines both the productivity (# of papers) as well as the impact of this productivity (# of citations) into a single number. In 2007 this California-based-physicist-gone-sociologist empirically demonstrated the potential predictive power his index could have. The new-and-improved formula also takes into account other factors such as the total number of papers, the number of distinct journals, the number of active years in research and the number of publications in top-journals.

Continue reading “Sweat Matters”

Let’s talk Tweezers

Let’s talk tweezers. Magnetic Tweezers, that is – de lekenversie. Toegegeven niet het meest spannende verhaal op deze site, ondanks dat interessant en momenteel niet weg te denken uit mijn dagelijks bestaan. Voor het nageslacht zullen we maar zeggen. De techniek bestaat inmiddels al een aantal decennia, en het woord ‘magnetic’ verraadt al een goed deel van het verhaal. De kracht van deze truc schult in het feit dat het concept zelf – alsmede het opzetten van een experiment – vrij eenvoudig is, terwijl er toch gecompliceerde systemen op het niveau van een enkel molecuul mee onderzocht kunnen worden.

Eureka.

Zoals eerder beschreven voer je je experiment uit in een vloeistofcel ter grootte van een microscooppreparaatplaatje. Deze zogenaamde flow cell bevindt zich in een microscoop-opstelling, met bijbehorende lichtbron, objectief en camera voor beeldregistratie. Verder komt er nog één attribuut bij kijken: de magneet natuurlijk.

Continue reading “Let’s talk Tweezers”

Enkel-molecuul en centrale dogma’s

Single-molecule techniek, wat is dat eigenlijk? Welnu, een korte inleiding. In de wereld van het hele kleine, het onderzoek naar (de werkingsmechanismen van) het leven, cellen of onderdelen hiervan, loop je vaak tegen zeer moeilijk achterhaalbare vraagstukken aan. Nu zijn er grofweg twee manieren om tegen dit soort vraagstukken aan te kijken.

Berend botje ging uit varen.

Me volledig bewust van het feit dat ik nu generaliseer – daarnaast ook absoluut niet de eerste die hier woorden aan vuil maakt – maar voor het gemak bestaat er de biologen- en de fysici-aanpak. Eerstgenoemden worden

Continue reading “Enkel-molecuul en centrale dogma’s”

Opstartfase voorbij

Dat een promotieonderzoek van vier jaar een vrij lange periode is om ergens helemaal in te duiken, zal haast eenieder beamen. Maar eenmaal begonnen aan zo’n traject, lijkt de tijd die je voor je onderzoek hebt gekregen ineens toch een stuk minder onmetelijk. Na vier maanden acclimatiseren, inlezen, experimenteren en bijleren in Delft, moet mijn eigen project nog goed en wel beginnen. Eén twaalfde voorbij; de eerste maand van mijn PhD-‘jaar’ verleden tijd. Wat heb ik in vredesnaam afgelopen tijd uitgespookt?

“doe mij wat ntps aub” – schematische voorstelling van een RNA-polymerase.

Tijd verspild heb ik gelukkig allerminst; mijn eerste maanden laten zich goed omschrijven als learning on the job. In samenspraak met mijn promotor Nynke Dekker hebben we in den beginne besloten dat mijn wens om de wereld van de single-molecule biophysics (enkel-molecuul biofysica vind ik echt te vreemd klinken, ik hou de anglicaanse benaming wel aan) in te duiken zou worden vervuld door middel van experimenteren met behulp van de magnetische pincet (officieel magnetic tweezers natuurlijk, hier vind ik het Nederlandsch nog net kunnen). De zeer pientere, bourgondisch ingestelde en ietwat chaotische post-doc tevens ontzettende Fransman David Dulin werd mijn mentor om me dit experimenteel trucje (fijne kneepjes van het vak incluis) aan te leren. Naast een zeer goede samenwerking te hebben gehad, hebben we zijn project aan de RNA-afhankelijke RNA-polymerase succesvol naar een afrondende fase weten te brengen. “Juist. Magnetische pincet, een RNA-wat?” hoor ik sommigen nu denken. Hier komt ie dan:

Continue reading “Opstartfase voorbij”

The Only Show in Town.

In het licht van mijn overstap naar de wetenschap, besloot ik dat het tijd was voor een populair wetenschappelijk boek van een wetenschapper die erg op mijn bewondering kan rekenen: Richard Dawkins. Dawkins is een van de weinige wetenschappers die zich tot het selecte clubje van bij-het-brede-publiek-bekende-geleerden kan rekenen.

Uiteraard.

Deze Britse evolutiebioloog hield tot 2008 in Oxford dan ook de Charles Simonyi Professorsstoel ter bevordering van het begrip van de wetenschap bij het brede publiek. Duidelijk dus dat hij daar in ieder geval wist wat hem te doen stond. Of je hem nou hoort spreken, of één van zijn vele boeken leest, deze man weet helder, boeiend en met een prachtig brits gevoel voor humor de essentie van een bepaalde theorie te verduidelijken.

Continue reading “The Only Show in Town.”