Goed, je hebt je x,y,z data, en dan? Dwelltime-analyse is een abstracte term voor een vrij eenvoudige methode. Niet al te ingewikkeld dus, maar eerder op dit soort data toegepast? dat niet. Wat ik eerder heb laten zien was dat een polymerase dubbelstrengs RNA omzet in enkelstrengs RNA (een verplaatsing van y baseparen) over een tijd x. Met andere woorden, de polymerase heeft een snelheid gemeten in baseparen per seconde, die we willen weten. Als die snelheid constant zou zijn is het makkelijk: de verplaatsing uitgezet tegen de tijd is dan lineair – de snelheid zouden we meteen af kunnen lezen.
Dat is in feite wat er tot nu toe altijd gedaan is: de polymerasesnelheid wordt gemeten voor elk stukje van het (door de polymerase afgelegde) traject waarvan het lijkt dat de snelheid constant is. Met andere woorden: elk stukje van het traject waar je een rechte lijn tegenaan kunt leggen levert je een snelheidsvector op. Klaar! Zou je zeggen. Maar: hoe weet je zeker dat een stuk waar je een lijn tegenaan legt ook daadwerkelijk een constante snelheid vertegenwoordigt? Akkoord, voor een ruwe schatting is dit prima, anno 2005 had je zo in Nature gestaan. Maar het is 2015 en een meting aan een enkel molecuul is geen wereldwonder meer. Toch vormen dit soort metingen een onmisbare bron aan informatie over de dynamiek van deze moleculaire kopieermachines.
Continue reading “2. Onbevooroordeelde dataverwerking: de dwelltime-analyse.”
