1. Eindelijk fatsoenlijke MT statistiek dankzij multiplexen.

Om te beginnen, waar de single-molecule magnetic tweezerstechniek zich hiervoor beperkte tot statistieken van enkele tot maximaal enkele tientallen metingen, omvat deze studie bij elkaar ruim 1000 unieke metingen aan individuele RNA polymerases. Technische vooruitgang op het gebied van camera’s en trackingsoftware hebben dit mogelijk gemaakt. Hoewel wij niet de enige groep zijn die dit soort technische vooruitgangen boekt, laten wij de mogelijkheden die de techniek biedt zien aan de hand van een biologisch vraagstuk. Zonder deze capaciteitsuitbreiding was dit onderzoek niet mogelijk geweest.

Grootte van het beeld anno 2009.

Anno 2011, toen ik begon met het opnemen van data, lag de maximale hoeveelheid RNA moleculen die we tegelijk konden visualiseren met behulp van magnetische balletjes – ik noem ze beads vanaf nu – rond de 80 op een goede dag. Nu ligt dat op 500-600. Dat dit mogelijk is ligt aan een combinatie van twee dingen: 1) meer megapixels in een camera: in 2011 hadden we een 1.4 megapixel camera, nu een 12 megapixel camera. 2) Een norme ontwikkeling in de software die het mogelijk maakt om gigabytes aan data per seconde te kunnnen verwerken. Er is dus aan het RNA-preparaat niets veranderd, het is de grootte van het oppervlak die we met een foto kunnen bestrijken (zonder kwaliteitsverlies) dat enorm is toegenomen. De echte uitdaging ligt hier voor ons natuurlijk niet in het kopen van een camera met meer megapixels, maar in hoe we ervoor zorgen dat een pc deze enorme toename aan hoeveelheid data nog steeds binnen een redelijke tijd kan verwerken.

Continue reading “1. Eindelijk fatsoenlijke MT statistiek dankzij multiplexen.”